Как вид искусства музыкальный театр в Карелии ведёт своё начало от созданного в 1931 году в Медвежьей Горе Центрального профессионального оперно-драматического театра Беломорско-Балтийского комбината, в репертуаре которого были оперы и драматические спектакли, с 1940 года – оперетты. С 1941 года театр переехал в Петрозаводск и назывался Республиканским театром музыкальной комедии. Во время войны базировался в Беломорске, давал концерты и спектакли для Карельского фронта и Северного флота. После войны театр работал в Сортавала и в 1949 году был закрыт.
В 1952 году под руководством первого директора театра Сергея Звездина началось строительство театрального здания по типовому проекту Александра Максимова и Елизаветы Чечик, интерьер театра был создан по индивидуальным проектам и под непосредственным наблюдением Саввы Бродского и Сергея Конёнкова. В 1955 году Театр русской драмы был реорганизован в Государственный музыкально-драматический театр К-ФССР – так музыкально-театральное искусство вернулось в Карелию.
С первых сезонов для Музыкального театра было характерно сочетание в репертуаре спектаклей всех музыкально-сценических жанров: оперетты, музыкальной комедии, балета, оперы, детской музыкальной сказки, с 1970-х годов – мюзикла. После реконструкции с 2009 года основу репертуара составили оперы и балеты. Балетный репертуар, сформированный на основе классики, уже с начала 1960-х годов включал в себя современные постановки и развивает параллельно оба направления: классической хореографии и произведений современных балетмейстеров.
С 2004 года балет Музыкального театра Карелии возглавляет заслуженный деятель искусств Карелии, лауреат Национальной премии «Золотая маска» Кирилл Симонов. Он создал сильную балетную труппу, уверенно справляющуюся с разными хореографическими стилями и способную решать самые сложные творческие задачи.
В 2009-2020 годах художественным руководителем и главным режиссёром оперной труппы был народный артист России Юрий Александров, принявший деятельное участия в формировании труппы. Его постановки составили основу оперного репертуара театра, определили его творческую индивидуальность и стали камертоном для дальнейшего развития этого жанра на карельской сцене.
С 2013 года главным дирижёром и музыкальным руководителем театра стал заслуженный деятель искусств Карелии Михаил Синькевич. Репертуар театра стал разнообразнее, музыкальный материал сложнее, уровень исполнительского мастерства артистов вырос.
За 70 лет немалая часть спектаклей театра вошла в золотой фонд карельского искусства. Это балеты «Сампо» и «Кижская легенда» Гельмера Синисало и Игоря Смирнова, оперы «Кумоха» Рувима Пергамента и «Меч кузнеца» Юрия Зарицкого. Театр продолжает традиции и на современном этапе: в сокровищницу российского музыкального театра вошли балеты «Ромео и Джульетта» и «Золушка» на музыку С. Прокофьева в постановке Кирилла Симонова, опера Р. Леонкавалло «Паяцы» в постановке Анны Осипенко.
Музыкальный театр прошёл интенсивный творческий пусть, выращивая и артистов, и зрителей. Сейчас в репертуаре двадцать опер, три оперетты, пять музыкальных сказок и три мюзикла для детей, девять классических и пять современных балетов. Театр ведёт обширную концертную и гастрольную деятельность. С 2019 года театр проводит Фестиваль молодых звёзд оперы «OperaVita» и фестиваль современной хореографии «Nord Dance». VII фестиваль «OperaVita» состоится в ноябре 2025 года, VI фестиваль «Nord Dance» – в июне 2026 года.